胃腸道是一個開放的環(huán)境。在動物出生前，胃腸道是一條無菌的管道。動物出生時，細菌等微生物立即通過食物、飲水、土壤、空氣以及皮膚等途徑開始進入腸道，并在腸道中定植，形成腸道菌群。菌群是胃腸道中一個復雜的微生物群體，主要由細菌組成，具有非常重要的生理作用。據(jù)估計，在動物的胃腸道中棲居著大約 30 屬 500 多種細菌，主要由厭氧菌兼性厭氧菌和需氧菌組成，其中專性厭氧菌占99%以上，僅類桿菌及雙歧桿菌就占細菌總數(shù)的90%以上。
正常腸道菌群是指在動物腸道內(nèi)存在的微生物層，在正常情況下即動物處于健康狀態(tài)時，這些微生物并不會引起動物表現(xiàn)異常或發(fā)生致病現(xiàn)象，這一微生物層被稱為正常菌群或固有菌群和原籍菌群。這些正常菌群是動物機體內(nèi)環(huán)境中不可缺少的組成部分，對動物宿主是有益無害的。在不同的部位，細菌的數(shù)量和種類都有所不同，形成了一個龐大而復雜的微生態(tài)系統(tǒng)。雖然隨著動物年齡增長、營養(yǎng)變化等因素的影響，腸道菌群可以發(fā)生變化。但是，腸道正常菌群的種類、每種細菌的數(shù)量及所占的比例、不同細菌所定植的部位等在每一種動物則是相對穩(wěn)定的。一個穩(wěn)定菌群的建立是一種復雜的過程。這個過程受宿主與菌群成員之間互作的影響。所以，腸道菌群自身以及與宿主之間始終處于一種動態(tài)的平衡中。這種平衡和穩(wěn)定對動物機體的生理功能具有十分重要的作用，對宿主的健康具有深遠的影響。已經(jīng)證實，動物的日糧、抗生素的使用以及給予益生素都會影響腸道菌群的組成。
從主要的功能和作用上分，腸道菌群一般可以分為有益菌、條件致病菌和病原菌 3 個部分。有益菌與宿主之間表現(xiàn)為共生關系，故又稱為共生細菌或共棲細菌，為專性厭氧菌，是腸道中的優(yōu)勢菌群。共生一詞的意思是“坐在同一個餐桌上”。雖然共生細菌可以產(chǎn)生與宿主競爭營養(yǎng)的不利作用，但是，也具有生物拮抗、營養(yǎng)及免疫調(diào)節(jié)等對宿主有利的作用。共生細菌主要包括雙歧桿菌、乳桿菌、芽孢桿菌、以及丁酸梭菌等；條件致病菌也可以與宿主共生，以兼性需氧菌為主，為腸道中的非優(yōu)勢菌群，在腸道微生態(tài)處于平衡狀態(tài)時是無害的，在特定的條件下具有侵襲性，對動物機體有害，如腸球菌、腸桿菌等；病原菌多為過路菌，長期定植的機會少，在腸道微生態(tài)平衡時，由于這些細菌數(shù)量少，不會致病。但是，如果大量繁殖使數(shù)量超出正常水平時，則可引起動物發(fā)病，如沙門氏菌、致病性大腸桿菌、梭狀芽孢桿菌等。
腸道中的共生細菌有許多有益的作用，可以通過定植粘附競爭占位等非免疫調(diào)節(jié)作用來穩(wěn)定微生態(tài)環(huán)境，保持動物的健康，還可以通過提高機體的體液免疫水平和細胞免疫水平來增強機體的免疫防御機能，提高動物的抗病能力。除此之外，共生細菌可以包括通過碳水化合物發(fā)酵產(chǎn)生能量、合成維生素如維生素B和 K 等對動物產(chǎn)生營養(yǎng)作用。這些作用對于保持動物的健康與生產(chǎn)性能都很重要的。
